海门口遗址位于剑川县甸南镇海门口村西北的剑湖出水口南部，总面积14.5万平方米。1957年剑川县人民政府在疏挖拓宽剑湖出水口河道的过程中，发现了大量古代木桩，出土了石器、骨器、铜器以及较多的动物骨骼。1957年3月云南省博物馆对遗址局部进行了发掘，由此发现了海门口遗址。为进一步了解遗址的分布范围和文化内涵，1978年4月又对海门口遗址进行了第二次发掘。

2008年1～5月，经国家文物局批准，云南省文物考古研究所会同大理州、剑川县文物管理部门对海门口遗址进行了第三次考古发掘。发掘面积1395平方米，共出土了3000多件遗物，有陶器、石器、骨器、牙器、木器、铜器、铁器、动物骨骼和农作物遗存八类。遗迹有房子、木桩柱和横木、灰白色石块、人骨坑、柱洞等，其中有4000多根木桩柱和横木。遗址的年代从新石器晚期至铜器时代再到铁器时代，并延续至宋、元、明时期。第一期距今5000～3900年，属云南新石器时代晚期；第二期距今3800～3200年，第三期距今3100～2500，属云南铜器时代早期和中期。

2008年6月17～19日，云南省文物局和大理州人民政府在剑川县举办了“海门口遗址考古发掘成果论证会”，确定了海门口遗址的价值和意义：1、海门口遗址是目前中国发现的最大水滨“干栏式”建筑聚落遗址，其规模和震撼力在世界上也甚为罕见，为研究中国史前的聚落类型提供了宝贵的实例。2、海门口遗址的文化堆积清晰，延续时间较长，文化遗存丰富，其年代从新石器时代晚期直至青铜时代，从而填补了中国西南地区的史前文化谱系的空白。3、海门口遗址不同时期的文化面貌反映了该地区史前文化的多样性和复杂性，这将有助于中国西南地区史前文化交流的研究。4、海门口遗址出土的稻、粟、麦等多种农作物遗存，证明了来自黄河流域的粟作农业，其南界已经延伸到滇西地区；而稻、麦共存的现象，则为重新认识中国古代稻麦复种技术的起源时间和地点提供了重要线索。5、海门口遗址本次发掘出土的铜器和铸铜石范，以确切的地层关系再次证明了该遗址为云贵高原最早的青铜时代遗址，滇西地区是云贵高原青铜文化和青铜冶铸技术的重要起源地之一。

鉴于剑川海门口遗址第三次考古发掘取得的重要成果，2009年海门口遗址第三次考古发掘先后被中国社科院和国家文物局评为“2008年中国六大考古新发现”、“2008年全国十大考古新发现”。2013年3月被国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。